蛋白质组学数据库，蛋白质组学数据库挖掘

大家好，今天小编关注到一个比较有意思的话题，就是关于蛋白质组学数据库的问题，于是小编就整理了5个相关介绍蛋白质组学数据库的解答，让我们一起看看吧。

怎样通过PDB网站查询蛋白质的结构，并绘图作出其活性中心，二维结构等相关信息？

PDB网站的查询方式其实很简答，可是输入ID，也可以直接输入你要查找的蛋白的英文名字，数据库提供的都是已经解析的蛋白，因此，里面会有详细的介绍该蛋白的各个特征，包含结构，活性中心以及底物等。

结构分析软件很多，pymol是其中一种，也可以用spdviewer，chimera等等。都可以做出漂亮的图。

在linux中如何建蛋白序列数据库

使用create命令建立mysql数据库: 新建数据库例：

1.以mysql最高管理员登录，在mysql>create database XXXXX; xxxxx即为数据库名. 2.在mysql中如何创建用户,使该用户对该数据库有完全权限. 3.可 以 用 GRANT 命 令 ， 格 式 如 下 : GRANT 许可权 ON 数据库名.表名 TO 新用户名@主机名 IDENTIFIED BY '密码'; grant all on husidb.* to john@localhost identified by ’201314’; 注:每一句mysql语句后面都跟有;号.注意大小写.

目前国际上最权威的蛋白质序列数据库是？

SWISS--PROT是由Geneva大学和欧洲生物信息学研究所(EBI)于1986年联合建立的，它是目前国际上权威的蛋白质序列敬据库。

SWISS--PROT中的蛋白质序列是经过注释的。SWISS--PROT中的数据来源于不同源地:(1)从核酸数据库经过翻译推导而来(2)从蛋白质数据库PR挑选出合适的数据;(3)从科学文献中摘录;(4)研究人员直接提交的蛋白质序列数据。2004年3月的SWSSPROT43.0版本有146720序列登录项，包含摘自113719篇参考文献的54093154个氨基酸。

构建蛋白质二级数据库的基本原则是什么？

构建蛋白质二级数据库的基本原则是通过对一级数据库的资源进行分析、整理、归纳、注释而构建的具有特殊生物学意义和专门用途的数据库。

蛋白质二级结构的预测通常被认为是蛋白结构预测的第一步，二级结构是指α螺旋和β折叠等规则的蛋白质局部结构元件。不同的氨基酸残基对于形成不同的二级结构元件具有不同的倾向性。按蛋白质中二级结构的成分可以把球形蛋白分为全α蛋白、全β蛋白、α＋β蛋白和α/β蛋白等四个折叠类型

string数据库是什么？

String数据库是一个搜寻蛋白质之间相互作用的数据库。该数据库可应用于2031个物种，包含960万种蛋白和1380万中蛋白质之间的相互作用。

它除了包含有实验数据、从PubMed摘要中挖掘的结果和综合其他数据库数据外，还有利用生物信息学的方法预测的结果。研究蛋白之间的相互作用网络，有助于挖掘核心的调控基因。String数据库目前更新到Version 11。

到此，以上就是小编对于蛋白质组学数据库的问题就介绍到这了，希望介绍关于蛋白质组学数据库的5点解答对大家有用。